Τα Ατομικά Προγράμματα Εκγύμνασης στοχεύουν στη βελτίωση της φυσικής κατάστασης και της γενικότερης υγείας των φοιτητών. Προσφέρονται εξατομικευμένα προγράμματα άσκησης υπό την καθοδήγηση εξειδικευμένων γυμναστών, λαμβάνοντας υπόψη τις ανάγκες, τους στόχους και το επίπεδο φυσικής κατάστασης του κάθε συμμετέχοντα. Η τακτική σωματική άσκηση συμβάλλει στην ψυχική ευεξία, στη μείωση του άγχους και στη βελτίωση της συγκέντρωσης. Τα προγράμματα είναι ανοιχτά σε όλους τους φοιτητές, ενισχύοντας έναν υγιεινό τρόπο ζωής και την ισορροπία μεταξύ σπουδών και προσωπικής φροντίδας.
Όλοι οι φοιτητές ΕΚΟ/ΑμεΑ σε συγκεκριμένες ώρες μπορούν να χρησιμοποιούν το κλειστό γυμναστήριο του ιδρύματος το οποίο έχει εξοπλιστεί πλήρως υπό την εποπτεία γυμναστή. Στον συγκεκριμένο χώρο έχουν πρόσβαση και τα υπόλοιπα μέλη του Πολυτεχνείου Κρήτης (φοιτητές και προσωπικό) εφόσον το επιθυμούν υποβάλλοντας σχετικό αίτημα στον σύνδεσμο:
